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En el seno de la SECEM existen varios Grupos de Trabajo dedicados a especies o temas concretos. Cada grupo posee una organización y unas normas de funcionamiento propios, gozando de gran autonomía para desarrollar sus actividades, acorde siempre con el reglamento aprobado por la Asamblea de la SECEM. A la cabeza de cada grupo figura un responsable que es elegido por los componentes de dicho grupo. En la actualidad funcionan cuatro grupos de trabajo:
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