Os grupos de trabalho têm a sua própria organização e regras de funcionamento, com base no regulamento aprovado pela Assembleia Geral da SECEM, o que lhes confere uma grande autonomia no desenvolvimento das suas actividades e projectos. Cada grupo é dirigido por um líder ou por uma equipa de coordenação eleita pelos membros do grupo. Alguns dos grupos têm uma taxa adicional para os seus membros, o que lhes permite financiar parte das suas actividades.