Los grupos de trabajo poseen una organización y unas normas de funcionamiento propios, basados en el reglamento aprobado por la Asamblea General de la SECEM, lo que les permite gozar de gran autonomía a la hora de desarrollar sus actividades y proyectos. A la cabeza de cada grupo figura un responsable o un equipo de coordinación que es elegido por los componentes del grupo. Algunos de los grupos tienen una cuota adicional para sus integrantes, que le permiten financiar parte de sus actividades.